Допустимыми форматами архивов тем и плагинов являются zip и tar (tar.gz). То есть файл может иметь расширение zip, tar, tar.gz, другие виды архивов не поддерживаются. Формат по умолчанию - zip.

Папка с файлами темы или плагина должна быть подпапкой папки themes или plugins. Например файлы темы по умолчанию будут в themes/default, а к примеру плагин внешних ссылок в plugins/externallinks/. В одном архиве можно располагать несколько тем или плагинов, таким образом создавая коллекцию тем или плагинов в одном архиве. Каждая тема или плагин в своей отдельной папке.

Объясню более простыми словами: когда открываете файл архива, то там должна быть только одна папка - themes или plugins. Заходим в папку и там уже находятся папки тем или плагинов. Все файлы вне папок themes и plugins будут игнорированы. Рекомендую имена папок и файлов делать только в нижнем регистре, но это пожелание, а не обязательное требование.

Такой формат предусмотрен для автоматической заливки файлов на сервер через админку, которая интегрирована с каталогом файлов.